Secara administratif Pemerintah Desa Mekarjaya terdiri dari 3 Kedusunan, 7 RW, dan 42 RT yang pembagian wilayahnya, yaitu :

• Dusun I terdiri dari  3 RW dan 16 RT
• Dusun II terdiri dari 2 RW dan 15 RT
• Dusun III terdiri dari 2 RW dan 11 RT

Luas seluruh wilayah adalah 790,95 Ha dengan  klasifikasi dan penggunaan tanah sbb :

• Tanah millik adat
• Tanah Kas Desa
• Jalan - Jalan Desa
• Tanah Perkebunan
• Tanah Kehutanan

          Adapun wilayah  Pemerintahan Desa Mekarjaya berbatasan dengan :

• Sebelah Utara                 :   Desa Giriawas Kec. Cikajang
• Sebelah Timur                 :   Desa Tanjungjaya Kec. Banjarwangi
• Sebelah Barat                  :   Desa Girijaya
• Seblah selatan                 :   Desa Cipangramatan

Dengan jarak tempuk ke Kecamatan +  5 Km, ke Kabupaten + 30 Km dan ke Provinsi + 98 Km.